Jauns ierocis tuberkulozes diagnostikai un zāļu rezistences noteikšanai: jaunas paaudzes mērķtiecīga sekvencēšana (tNGS) apvienojumā ar mašīnmācīšanos tuberkulozes paaugstinātas jutības diagnostikai
Literatūras pārskats: CCa: diagnostikas modelis, kas balstīts uz tNGS un mašīnmācīšanos, kas ir piemērots cilvēkiem ar mazāku bakteriālo tuberkulozi un tuberkulozo meningītu.
Diplomdarba nosaukums: Uz tuberkulozi orientēta nākamās paaudzes sekvencēšana un mašīnmācīšanās: īpaši jutīga diagnostikas stratēģija paucific plaušu kanāliņu un tubulāra meningīta ārstēšanai.
Periodiskais izdevums: 《Clinica Chimica Acta》
JA: 6.5
Publicēšanas datums: 2024. gada janvāris
Apvienojumā ar Ķīnas Zinātņu akadēmijas universitāti un Pekinas galvaspilsētas Medicīnas universitātes Krūškurvja slimnīcu Macro & Micro-Test izveidoja tuberkulozes diagnostikas modeli, kura pamatā ir jaunās paaudzes mērķtiecīgas sekvencēšanas (tNGS) tehnoloģija un mašīnmācīšanās metode, kas nodrošināja īpaši augstus rezultātus. noteikšanas jutība pret tuberkulozi ar dažām baktērijām un tuberkulozo meningītu, nodrošināja jaunu paaugstinātas jutības diagnostikas metodi divu veidu tuberkulozes klīniskai diagnostikai un palīdzēja precīzi diagnosticēt, noteikt un ārstēt tuberkulozi rezistenci pret zālēm.Vienlaikus tiek konstatēts, ka pacienta plazmas cfDNS var izmantot kā piemērotu parauga veidu klīniskai paraugu ņemšanai TBM diagnostikā.
Šajā pētījumā tika izmantoti 227 plazmas paraugi un cerebrospinālā šķidruma paraugi, lai izveidotu divas klīniskās kohortas, kurās laboratorijas diagnostikas kohortas paraugi tika izmantoti tuberkulozes diagnostikas mašīnmācīšanās modeļa izveidošanai, bet klīniskās diagnostikas kohortas paraugi tika izmantoti, lai pārbaudītu noteikto. diagnostikas modelis.Visi paraugi vispirms tika mērķēti ar īpaši izstrādātu mērķtiecīgu Mycobacterium tuberculosis uztveršanas zondes kopu.Pēc tam, pamatojoties uz TB-tNGS sekvencēšanas datiem, lēmumu koka modelis tiek izmantots, lai veiktu 5-kārtīgu šķērsvalidāciju laboratorijas diagnostikas rindas apmācības un validācijas kopām, un tiek iegūti plazmas paraugu un cerebrospinālā šķidruma paraugu diagnostikas sliekšņi.Iegūtais slieksnis tiek ievietots divās klīniskās diagnozes rindas testa kopās noteikšanai, un apmācāmā diagnostisko sniegumu novērtē pēc ROC līknes.Visbeidzot tika iegūts tuberkulozes diagnozes modelis.
1. att. Pētījuma dizaina shematiskā diagramma
Rezultāti: Saskaņā ar šajā pētījumā noteiktajiem specifiskajiem CSF DNS parauga (AUC = 0,974) un plazmas cfDNS parauga (AUC = 0,908) sliekšņiem starp 227 paraugiem CSF parauga jutība bija 97,01%, specifiskums bija 95,65% un plazmas parauga jutīgums un specifiskums bija 82,61% un 86,36%.Analizējot 44 plazmas cfDNS un cerebrospinālā šķidruma DNS pāru paraugus no TBM pacientiem, šī pētījuma diagnostikas stratēģijai ir augsta konsistence 90,91% (40/44) plazmas cfDNS un cerebrospinālā šķidruma DNS, un jutība ir 95,45% (42/44).Bērniem ar plaušu tuberkulozi šī pētījuma diagnostikas stratēģija ir jutīgāka pret plazmas paraugiem nekā Xpert noteikšanas rezultāti kuņģa sulas paraugiem no tiem pašiem pacientiem (28,57% pret 15,38%).
2. attēls. Tuberkulozes diagnostikas modeļa analīzes veikšana populācijas paraugos
